中世纪出现两个异端，即反社会反教会及无政府状态。首先是由于教会内部堕落开始，主要是反对神职界的堕落。
——亚尔比异端ALBIGENSES：又称新摩尼异端。摩尼异端在教会初期对教会有很多麻烦。到九世纪摩尼异端在亚美尼亚重新开始发展，又传遍整个东罗马帝国，法国，西班牙及意大利。此时被称为新摩尼教，称自己为“纯洁者”（CATHARI）根据地在法国ALBI。
相信二元论：善神与恶神，善神控制精神，恶神控制物质界，两神永远作斗争，因为这世界是恶的，故而“婚姻，生育，家庭”都被认为是不伦理的，吃肉不能得救，所以过苦修生活，认为基督的死亡与复活是预示性的，认为耶稣是天使，不是人。认为教会是不可信的，他们分两种人，完人及信者。完人度神贫，刻苦的生活，到处宣讲福音道理，信者为普通者，认为一般不能得救，需在死前经过完人的覆手。“精神怀的洗礼”。这样信进才可免除罪过的罚，如果病好又活过来则要饿死或窒息而死，因覆手一生才一次。
对教会，对社会造成很大影响，同时也吸引了不少人，因为他们刻苦的生活，不似神职人员那样过着奢侈的生活。教会对他们召开会议批判他们，不听则绝罚。当时教宗意诺森二世，派遣许多会士为他们讲福音，可未成，后来他们用武力攻击教会，杀死了教宗的代表（1209年）PETER OF CASTELNAU。于是教宗号召所有基督教国家，发动“亚尔比十字军”开始东征。从法国，西班牙开始，后来教宗额我略九世又定了宗教裁判所，委任多明我会士审判。最后到13世纪末，摩尼异端逐渐消失了。
——华尔图异端：WALDENSIANS，产生于公元12世纪——20世纪。主要从教会外部来的。创始人为法国里昂的商人WALOLO。后来领洗皈依了托钵修会。1176年，开始按耶稣的话做，变卖自己的一切财富，到处讲道，攻击神职人员的财富及堕落。他们热心可嘉，到处身穿破衣，宣讲，然而因没有知识，故而也宣讲错误。在1179年，在第三次拉特朗会议上，他们的刻苦生活受到教宗亚历山大的表样，同时也禁止他们讲道，可他们不听。教宗露西斯三世在1184年沃罗那会议上把WALOLO开除教籍，因他们不服从教宗的劝解，WALOLO仍我行我素。他们主要坚决反对为亡者祈祷，献弥撒及不承认炼狱的存在，这是他们主要的错误，他们反对圣事，弥撒，神职，教会的大赦，对圣人的敬礼，婚姻的不可拆散性。
教会第一次用武力——十字军东征声讨，进行残酷地镇压，他们不但反对教会的信仰，也对社会造成影响，故而教宗在无法的情况下，只得发起十字军，以教宗意诺森三世为首，号召欧洲国家发动十字军声讨他们。
——宗教裁判所：INQUISITION
异端刚开始，教会对此也不知所措，国王就采取用刑，可教会从未承认过，也未规定，只是国王自立规定条文。后来异端泛滥，教宗不得已而干涉了，派了不少人去捕捉异端人进行审判。1231年，额我略九世正式成立宗教裁判所，开始压制异端，于1233年，把裁判所的权利委托给多明我会管理，权利非常大，直属于教宗，不受当地主教管辖，故而众说纷纭。
——宗教裁判所的发展过程：
1、 圣经根据弟前一章廿节：保禄把依默纳约与亚历山大交于撒殚，这是开除教藉的来源，这是教会在前300年中，对异端的唯一惩罚，当时圣西彼廉与奥利振都坚决反对。
2、 从公元3世纪——6世纪：罗马皇帝认为自己除了是世俗国王之外也是精神领袖，（最高的司祭）。382年，戴尔陶西开始颁布法律，应该对异端人治裁，因为对国家有害，方式有充军，没收财产，剥夺其继承权，后来变本加厉。
3、 后来开始用死刑：如对摩尼教，多那芯等，这死刑由国王来下令的，金口若望说把异端者处死是不可弥补的罪行。
4、 在东罗马帝国中，教会的法律与国家的法律因同一机构混在一起很难分清。
5、 从6——10世纪，此阶段教会很少对异端者处死，只以鞭打监禁。
6、 从11世纪开始，在西方出现了把异端人烧死的记载。第一次是1022年，法王罗伯特把13个异端人烧死，在奥尔都良？？？，后来纷纷在法国、意大利出现处死异端的景象。到13世纪，教会一直未介入，只有一位主教表示赞成。
7、 1197年，西班牙的伯多禄国王第一次明文规定对异端人处以死刑，教会不赞成。1215年，在拉特朗召开会议，规定没收财产，放逐，剥夺其在教会墓地埋葬的权利，反对死刑，同时教宗意诺森三世他是第一个过于依靠世俗力量对付异端人的。
8、 腓特烈二世于1229年正式宣布应该对这些顽固不化的异端人处以死刑，当时教宗额我略九世认可，不过加了一条件：把审判谁顽固不化，处以死刑的权利保留于教会。从此以后，教会与政府联合在一起了。
——宗教裁判所的程序：
1、恩宠期（TIME OF GRACE）：承认错误，悔改而裁判人作轻微处罚，禁食，朝圣，此期为30天。
2、审判期：调查，为了公平而详细调查，也用各种刑罚。
3、判刑期：A、无罪释放；B、判罪——须经人审察，法律专家确定，以避免屈打成招，再由当地主教审批。刑罚有两种：承认错误表示悔改者处以禁食，祈祷，朝圣，公开鞭打，身带十字架，没收财产，充军，终身监禁。如死不悔改者，开除教籍，交于国王处理。
——现代人对“宗教裁判所”的评估：为了对待异端，对今天的人来说是极其残酷的，但要看当时的背景而定。
——从“宗教裁判所”到“信理部”：
1965年，教宗保禄六世成立了信理部。
宗教裁判所成立于13世纪，并达到顶峰到14世纪，开始衰弱，原因有很多：1、异端人越来越少，2、负责裁判所的人滥用职权，不服从教宗的领导，3、因国王干涉而使裁判所丧失了其本质，4、裁判人之间的冲突（会士之间）。
到1587年西道五世，又将其扩展为13位枢机。至1908年，教宗比约十五世，改名为“CONGREGATION OF HOLY OFFICE”。1965年，保禄六世改名为“信理部”，保证“信理与伦理”的正确性。
——西班牙的“宗教裁判所”：
西班牙的“宗教裁判所”不能与教会内部的相提并论。他们是混合法庭，裁判人由皇帝任命，且世俗君王的权利占主导地位。目的主要对付阿拉伯伊斯兰教徒及犹太人。由1481年，斐尔弟南及皇后依丽莎白的建议而创立的。还为了当时社会上的谋杀，放高利贷，走私和伦理堕落，为了预防外来的危险错误思想及改革。同时进入16世纪，随着航海事业的发展，西班牙向外扩展，他们把裁判所带到了新大陆，美洲及非洲。1808年，拿破仑占领西班牙并要废除宗教裁判所，可遭到反对。1814年，重新恢复，直至1834年，取消了宗教裁判所。